門跡寺院となったのは、静基（じょうき）僧正が開山された、寛喜元年（1229年）のことで、
そのころは北区の紫野にありました。約800年の歴史があります。
その後、京都御所の近くに移り、ここ岩倉に移ったのは
応仁の乱の戦火を逃れるためであったと言われています。
その後、義周（ぎしゅう）法親王が門跡となられたとき、
京都御所から大宮御所「承秋門院（じょうしゅうもんいん）の旧宮殿」の一部が下賜されました。
それらが、正面の門「四脚門」、玄関横の「御車寄」、中の建物「客殿」です。
とても大掛かりな工事をして移築したことがうかがえます。
当時はここで、格式高い家柄の人々が集い､和歌の会や､お茶会などを開いていました。
そのころの様子のわかる古文書の数々が今も残っています。

義尊、法誓院三位局について

江戸時代初期に入寺した、義尊（ぎそん）は足利義昭の孫にあたります。
義尊の母、法誓院三位局（さんみのつぼね）は
義昭の子高山（法厳院）との間に義尊（実相院門主）と、常尊（円満院門主）をもうけ、
さらに後陽成天皇（一説によると後水尾天皇）との間にも 道晃親王（聖護院門主）をもうけたため、
義尊は皇子同様にして後陽成天皇の寵愛を受けました。
両天皇、東福門院、三位局など、義尊を取り巻く江戸初期の宮廷生活との深い関わりの中で
実相院の文化的基礎は一層確かなものとなりました。
義尊は失われた古文書、古記録を熱心に書写したため、
重要なものが多くのこされています。

また、法誓院三位局は日蓮宗の信者で、北岩倉に證光寺を創建しました。
幕末・明治期の混乱の中でこの證光寺は廃寺となり、実相院に合併されましたが、
そこに江戸末期の画壇の巨匠である岸駒（がんく）が隠棲したため、
彼の描いた灯篭「寒山拾得の図」が実相院に遺されています。